Sau khi bị cha bức phải nhường ngôi cho em trai, Sutoku trở thành Thượng hoàng[15] và bắt đầu mâu thuẫn sâu sắc với Toba. Thượng hoàng lui về ở ẩn tại Tân viện (hay Tán Kỳ viện)[16], bắt đầu chiệu tập các nhà thơ và ra lệnh họ sưu tập các bài thơ Waka rồi tổng hợp thành một quyển thơ có tên Shika Wakashū.

Năm 1155 - 1156, sau khi Thiên hoàng Konoe và Pháp hoàng Toba vừa chết, Thiên hoàng Go-Shirakawa chưa ổn định được ngôi vị thì Thượng hoàng Sutoku được sự ủng hộ của Minamoto Tameyoshi, Tametomo và Taira Tadamasa đã đem quân tấn công quân đội của tân Thiên hoàng. Lịch sử Nhật Bản gọi đây là Cuộc bạo loạn Hōgen nguyên niên (7/1156). Kế hoạch đã được phe Thượng hoàng thảo ra nhằm phục vị cho Thượng hoàng Sutoku ở kinh đô, nhưng khi thực hiện thì các tướng chỉ huy có mâu thuẫn về kế hoạch khởi loạn:  Minamoto no Tametomo (con trai của Minamoto no Tameyoshi) đề nghị một cuộc tấn công ban đêm vào cung điện của Thiên hoàng, nhưng Fujiwara no Yorinaga từ chối chiến lược này. Lợi dụng mâu thuẫn này, quân đội của phe Thiên hoàng bắt đầu tấn công đối phương[17]. Cuộc tấn công giữa hai phe diễn ra cho đến giữa tháng 8, quân đội của Thiên hoàng giành thắng lợi. Thượng hoàng Sutoku bị bắt lưu đày ở Sanuki (nay là tỉnh Kagawa trên đảo Shikoku). Nhóm Yorinaga và Tameyoshi bị sát hại.

Tháng 9/1164, Thượng hoàng Sutoku qua đời ở nơi lưu đày. Thượng hoàng không có con.

Kugyō

• Sesshō, Fujiwara Tadamichi, 1097-1164.
• Daijō daijin, Fujiwara Tadamichi.
• tả đại thần
• hữu đại thần
• Nadaijin, Fujiwara Yorinaga, 1120-1156.
• đại nạp ngôn

Niên hiệu

• Hōan (1120-1124)
• Tenji (1124-1126)
• Daiji (1126-1131)
• Tensho (1131-1132)
• Chōshō (1132-1135)
• Hoen (1135-1141)
• Eiji (1141-1142)